Legionellen werden bei einer Temperatur von mehr als 70 °C in kurzer Zeit inaktiviert bzw. abgetötet. Bei der thermischen Desinfektion wird daher der Warmwasserbereiter sowie das gesamte Leitungsnetz inklusive aller Entnahmestellen (z. B. Wasserhähne) für mindestens drei Minuten auf mehr als 71 °C erwärmt. Hier sind die Vorgaben des DVGW zu beachten.
Eine periodische Desinfektion (Legionellenschaltung, üblicherweise 1 × pro Woche) bei vollem Desinfektionsvolumenstrom ist eine nicht mehr anerkannte Regel der Technik. Die früher übliche Legionellenschaltung sichert keine legionellenfreie Versorgung von Warmwasserverteilungssystemen. Oberhalb von zirka 60 °C (je nach Region und Härtegrad des Trinkwassers) fällt Kalk im Leitungsnetz aus und kann große Probleme bereiten, abhängig vom verwendeten Rohrwerkstoff. Als besonders problematisch erwiesen sich die früher verwendeten Eisenwerkstoffe. Laut DIN ist verzinktes Stahlrohr nicht für Warmwasserleitungen zulässig.
Die eingestellte Solltemperatur im Warmwasserspeicher soll 60 °C betragen, die Auskühlung der Zirkulationsleitung darf nicht größer als 5 °C sein.
Moderne Heizungssteuerungen für Kleinheizanlagen erhöhen die Speichertemperatur täglich kurzzeitig mindestens einmal oder in kurzen regelmäßigen Abständen, wobei hier die hygienischen Aspekte in Bezug auf Sinn und Nutzen im Einzelfall zu überprüfen sind.
Bei der thermischen Desinfektion muss die Verbrühungsgefahr an den Entnahmestellen beachtet werden. Weitere Nachteile sind die nicht immer korrekt praktizierbare Durchführung der thermischen Desinfektion, die mangelnde nachhaltige Wirksamkeit, die starke Alterung des Rohrwerkstoffes sowie der Dichtungen und die Wärmeüberstrahlung in das Kaltwassernetz. Die thermische Desinfektion erfasst naturgemäß nur das Warmwassernetz. Legionellen können sich aber auch im Kaltwasser deutlich vermehren, weil sich in modernen beheizten Gebäuden das Leitungsnetz für das Kaltwasser auf über 20 °C erwärmen kann. Liegen zusätzlich bauliche Mängel vor (Verlegung der Trinkwasserleitungen im Fußboden bei gleichzeitiger Fußbodenheizung, zu groß dimensionierte Leitungsrohre, gemeinsame Verlegung in Versorgungssträngen mit Warmwasserleitungen oder Heizungsleitungen ohne ausreichende Isolierung), kann die Kaltwassertemperatur auf über 25 °C ansteigen.
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